Obligation de tenir compte de l'ancienneté?

Bonjour, j'espère que quelqu'un pourra répondre à ma question, car c'est pas évident de trouver des infos...
Je travaille comme attaché de recherche (je suis vétérinaire mais engagé comme licencié en Biologie...) dans un centre de recherche universitaire. Je suis payé grâce à une ASBL (contrat APE au début qui est devenu CDI). Mon chef dit qu'il tient compte de l'ancienneté, mais seulement à partir du moment ou mon contrat est passé en CDI. Ayant travaillé avant pendant 2 ans au même endroit pour la même fonction sous un contrat CDD, je me demande s'il peut réellement faire cela, çàd ne pas tenir compte de ces 2 ans-là pour l'ancienneté? La commission paritaire dont je dépends est la CP 200.
Merci!

Je ne suis pas affilié à un syndicat et ne sais même pas vers lequel je devrais me tourner...